Мифология и пантеон муиска были слабо развиты.

Космогонические мифы разрознены и путаны.

В пантеоне главное место занимала богиня земли и плодородия — Бачуе.

Одним из главных был бог обмена.

В культовой практике муиска первое место занимало почитание сил природы — солнца, луны, священного озера Гуатавита и т. п.

Солнцу приносили в жертву мальчиков, чтобы прекратить засуху.

Большое место занимал культ предков.

Тела знатных мумифицировали, на них надевали золотые маски.

Мумии верховных правителей, по верованиям, приносила счастье, их выносили на поле битвы.

Главные божества считались покровителями знати и воинов, простой народ был связан с храмами других божеств, где можно было приносить в жертву скромные дары.

Жречество входило в господствующую верхушку общества.

Жрецы взимали с общинников и получали от знати продовольствие, золото и изумруды.