Появление новой сёгунской династии не означало, однако, централизации страны.

Были воссозданы учреждения, существовавшие еще при первом сёгунате, в конце XII в., но сфера действия этих учреждений ограничивалась лишь территорией, подвластной сёгуну, т. е. провинциями, лежавшими вокруг города Киото, который стал резиденцией новых сёгунов.

Вся остальная часть страны находилась в руках местных феодалов.

Сёгунам приходилось отстаивать свою власть от постоянно появлявшихся соперников из числа сюго — «протекторов» провинций, превратившихся из представителей сёгунов на местах, какими они были при первом сёгунате, во владетельных князей.

До середины XV в. такие столкновения заканчивались для сёгунов благоприятно, а на востоке им удалось даже ликвидировать (в 1439 г.) самостоятельность наместничества Канто, правители которого являлись представителями другой ветви дома Асикага.

Но это не привело к укреплению положения сёгунов: столкновения продолжались и внутри самого сёгунского дома, и между ближайшими к нему феодалами, и между феодалами на местах.

В конце концов отдельные столкновения вылились в междоусобную войну двух групп феодалов.

Эта война, затянувшаяся на целых 10 лет (1467—1477), вошла в историю Японии под наименованием «Смуты годов Онин» — по названию годов правления, когда она началась.

В этот период всякие следы централизованного управления исчезли.

Япония окончательно вступила в период феодальной раздробленности.